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一、 實驗原理

SNP檢測是檢測染色體基因組中單個核苷酸的突變而引起的DNA序列的多態(tài)性的技術(shù)，SNP以單個堿基的顛換、轉(zhuǎn)換、插入和缺失等形式存在。作為第三代分子標記，SNP標記具有很大的發(fā)展?jié)摿?，被廣泛應(yīng)用于生物、農(nóng)學、醫(yī)學、生物進化等眾多領(lǐng)域，在分子遺傳學、藥物遺傳學、法醫(yī)學以及疾病的診斷和治療等方面發(fā)揮著重要作用。

服務(wù)類型：

1.Taqman探針法(定性)

針對染色體上的不同SNP位點分別設(shè)計PCR引物和TaqMan探針，進行實時熒光PCR擴增。

2.SNaPshot法測SNP

主要是基于熒光標記單堿基延伸原理的分型技術(shù)，主要針對中等通量的SNP分型項目。3.MassARRAy法

MassArray質(zhì)譜系統(tǒng)是目前市場上擁有最高性價比的中高通量SNP分型檢測系統(tǒng)，通過激光激發(fā)DNA分子片段，再用飛行時間來判斷片段分子量的大小。

4.Illumina BeadXpress法

采用BeadXpress系統(tǒng)進行批量SNP位點檢測，可以同時檢測1-384個SNP位點，往往用于基因組芯片結(jié)果確認，適合高通量檢測。

5.直接測序法

在所有SNP的檢測方法中，對待檢測片段進行直接擴增、測序是最為準確的方法，也是SNP分析的金標準。

二、應(yīng)用簡介

SNP可導致人類疾病，如癌癥、傳染性疾病、自身免疫性疾病等，SNP是研究人類家族和動植物品系遺傳變異的重要依據(jù)，因此被廣泛用于群體遺傳學研究和疾病相關(guān)基因的研究，在藥物基因組學、診斷學和生物醫(yī)學研究中起重要作用。
應(yīng)用領(lǐng)域：

1. 遺傳圖譜繪制的標記；

2. 疾病診斷和疾病易感基因的鑒別；

3. 藥物基因組學研究和新藥篩選；

4. 藥物代謝和藥物遺傳學；

5. 法醫(yī)鑒定和個體識別；

6. 群體遺傳學研究和遺傳多態(tài)性分析；

7. 物種鑒定、菌種鑒定等。

三、實驗方法

A. 直接測序法：

a、樣品基因組DNA提??；

b、根據(jù)不同的區(qū)域進行引物設(shè)計、合成；

c、對所有樣品進行基因擴增并純化；

d、測序；

e、統(tǒng)計與分析。

B. TaqMan探針法：

a、樣品基因組DNA提取與質(zhì)檢；

b、探針的設(shè)計、合成；

c、預實驗優(yōu)化PCR反應(yīng)體系；

d、熒光定量PCR按測；

e、SNP位點數(shù)據(jù)分析。

C. SNaPshot法：

a、樣品基因組DNA提取與質(zhì)檢；

b、引物的設(shè)計、合成；

c、擴增反應(yīng)；

d、延伸反應(yīng)；

e、測序儀檢測；

f、數(shù)據(jù)分析

四、樣本送檢要求

五、案例展示

Taqman探針法(定性)

SNaPshot法測SNP

六、 常見問題

①??為保證待測目的區(qū)域測序真實可靠，引物設(shè)計應(yīng)該使待測目的區(qū)域邊界距離上下游引物至少各50bp；?

②?引物設(shè)計建議使用在線方式，以保證成功率；?

③?為保證測序敏感性，PCR產(chǎn)物片段大小應(yīng)在250bp－650bp范圍；?

④?為方便實驗，建議引物合成時分裝成1?管，方便將PCR與測序的引物分開；

⑤?為保證引物的特異性，建議引物設(shè)計后在NCBI上blast確認；?

⑥?為防止降解，PCR產(chǎn)物應(yīng)盡快測序，否則應(yīng)該保存在-20℃，且時間不宜過長；

⑦?為保證結(jié)果真實性，建議對關(guān)鍵點進行反向測序確認。?

七、 服務(wù)流程