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科研技術(shù)服務(wù)
一、實驗原理
短串聯(lián)重復(fù)(Short tandem repeats, STR)，又稱微衛(wèi)星DNA(Microsatellite DNA)或簡單重復(fù)序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR)，是廣泛存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復(fù)序列。有絲分裂過程中DNA鏈之間的錯配引起的復(fù)制滑動被認為是導(dǎo)致STR產(chǎn)生的較為常見原因，并且依據(jù)不同復(fù)制單元大小的不同以及不同物種之間，復(fù)制滑動發(fā)生的概率也不相同。
STR是以核心序列(core repeat units)首尾相連多次重復(fù)形成。每個STR的核心序列結(jié)構(gòu)相同，長度為2-6bp，但其重復(fù)單位數(shù)目和重復(fù)區(qū)域的長度不同，因此STR在不同種族、不同人群之間的分布具有差異性，構(gòu)成了STR遺傳多態(tài)性。不同個體之間在一個同源STR位點的重復(fù)次數(shù)也不同，因而同指紋識別一樣，STR位點分析也可對個體進行身份識別。通過識別個體基因組在特定位點的特定序列重復(fù)，即可創(chuàng)建其基因檔案?；诖?，STR分析法已經(jīng)成為一種重要的鑒定分析方法，應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)、親子鑒定及細胞鑒定等領(lǐng)域。
二、應(yīng)用簡介
細胞系因其具有無限傳代增殖、體外培養(yǎng)、培養(yǎng)條件簡單等原因，如今已被廣泛的應(yīng)用于各類疾病的研究中。
三、實驗方法
四、樣本送檢要求
1. 細胞懸液（細胞數(shù)≥106 個）-提供細胞，請用PBS懸浮細胞離心后，去上清液，將細胞沉淀加冰袋運輸。
2. 基因組DNA（≥20μL，濃度≥50ng/μL）- 提供DNA樣本時請加冰袋運輸；同時請注明DNA含量。
3. 僅對ATCC和DSMZ數(shù)據(jù)庫現(xiàn)有STR圖譜數(shù)據(jù)的細胞系進行品系鑒定。
4. STR鑒定樣本為均人源細胞，檢測21個基因位點。
五、案例展示
六、常見問題
1、如何知道細胞系是否發(fā)生交叉污染了
如果存在細胞系之間發(fā)生交叉污染，而且鑒定用的細胞可能有兩種以上的細胞系時，那么在進行STR位點檢測的時候，多個位點會出現(xiàn)兩個以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強度，理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關(guān)系。因此，存在交叉污染的混合細胞系中，其中一個位點中某些峰會明顯高于其他的峰，其中大峰是屬于混合細胞系中那個主要細胞系，而小峰則屬于那個次要細胞系。
值得注意的是，當(dāng)發(fā)生兩個或以上細胞混合的時候，檢測結(jié)果看起來非常像細胞系的“遺傳不穩(wěn)定”——當(dāng)一個細胞系存在亞群時，尤其是一些癌細胞系， 由于遺傳不穩(wěn)定的存在，在一些位點的STR特性會不同。因此經(jīng)驗豐富的分子專家是非常重要的，他能夠幫助分析復(fù)雜的電泳圖譜（STR峰圖），從而判斷是否由于發(fā)生細胞系交叉污染而導(dǎo)致多等位基因情況。
2、如何根據(jù)STR數(shù)據(jù)判斷細胞系的身份
收到細胞系鑒定結(jié)果以及STR信息，可以與參考數(shù)據(jù)庫進行比對。如果細胞樣本的每個STR位點和參考細胞STR位點都能重合匹配，即說明該細胞系正確，反之則說明你的細胞系可能被錯誤標(biāo)記，交叉污染或發(fā)生遺傳不穩(wěn)定。一般說來，匹配度≥80%即可認為該細胞系正確，匹配度＜80%則說明該細胞系的來源需要被懷疑。
如果細胞系被鑒定出發(fā)生交叉污染或錯誤標(biāo)記，則需要拿更早代數(shù)的細胞進行鑒定，從而找到問題的起源或者直接從可靠的機構(gòu)購買一株新的細胞系。
3、如果細胞系沒有在數(shù)據(jù)庫中比對出結(jié)果怎么辦？
如果已知數(shù)據(jù)庫中沒有找到你的細胞信息，你可以用自己的細胞遺傳信息建立自己的遺傳特性，以便后期進行自己細胞庫的比對。
4、為什么報告內(nèi)最終結(jié)論，會出現(xiàn)匹配不上任何已知數(shù)據(jù)情況？
最大的可能性是因為這株細胞的標(biāo)準(zhǔn)序列并沒有收錄在國際的細胞庫之中，導(dǎo)致送檢樣本與任何的序列都不匹。出現(xiàn)這種情況大多數(shù)是因為該細胞系，可能是由國內(nèi)課題組自主建系的。
七、服務(wù)流程
